A acreditação institucional é um processo através do qual a Universidade oferece garantia pública de sua qualidade por meio da avaliação do cumprimento de seus propósitos e da sustentabilidade. Aquilo é feito através da avaliação de um órgão externo (Comissão Nacional de Acreditação ou uma Agência de Acreditação). A acreditação é um componente do Sistema Nacional de Garantia da Qualidade, promovida pela Lei 20.129, promulgada em 2007.
A acreditação pode ser institucional (Universidade Acreditada) ou de graduação (cursos de graduação acreditados). Os resultados são concedidos por um período máximo de 7 anos, durante o qual a Universidade ou o Curso mantém sua acreditação. Além disso, existe a acreditação de pós-graduação (mestrados, especializações médicas e doutorados) que são concedidos por um período máximo de 10 anos.
A Acreditação Institucional era um processo voluntário do qual podiam participar todas as instituições de ensino superior autônomas que consideram a gestão institucional e a docência de graduação como áreas mínimas de avaliação. No entanto, em 2018, foi publicada a Lei 21091 que estabelece que a acreditação institucional é obrigatória para as instituições de ensino superior autônomas a partir de 2020, juntamente com a acreditação dos cursos de Pedagogia, Medicina e programas de Doutorado.
Também, as instituições podem por serem avaliadas nas áreas de pós-graduação, pesquisa e vinculação com o meio. O processo é desenvolvido de acordo com as regras definidas pela CNA, incluindo uma avaliação interna, uma avaliação externa e um pronunciamento de acreditação. A avaliação de cada área é realizada de acordo com os conteúdos e parâmetros definidos pela CNA.
A Universidade de Santiago se aderiu voluntariamente a essa iniciativa no segundo período do projeto piloto, sendo acreditada no início em 2005 em todas as áreas por 3 anos. A Universidade foi submetida a um total de quatro processos de acreditação institucional.